El actual claustro, que data del siglo XVII, sustituyó al gótico que una nevada en 1600 se derrumbó.

El claustro (6) [ver la planta en flash], de planta cuadrada y adosado a la iglesia por el lado de la Epístola, sustituyó al anterior, destruido por el peso de una nevada en 1600. La crónica del Licenciado Huarte compara su exquisita decoración con el claustro de la Catedral de Pamplona. Este parentesco parece verosímil dada la relación fundacional entre ambos templos. La construcción del actual claustro está ampliamente documentada desde 1606, año en el que se encargaron las trazas, si bien las obras no comenzaron hasta 1615 y se prolongaron por lo menos hasta 1661.

El claustro tiene planta cuadrada pero irregular, irregularidad que también se transmite a los alzados, que tienen un sólo piso con crujías de distinta anchura, contrafuertes de desigual tamaño y número y arcos de diferente luz. La cubierta de tres de las alas consiste en una techumbre plana con vigas de madera y potentes arcos fajones apuntados de sección rectangular. Estilísticamente, estos arcos remiten a siglos anteriores, si bien la robustez se explica por el afán de lograr una estructura resistente a cualquier eventualidad. La crujía Este, a la que se abre la capilla de San Agustín, se cubre con una bóveda de crucería simple con fajones de medio punto.

Empotrados en los muros del claustro se han descubierto algunos nichos sepulcrales de arco apuntado, restos del primitivo claustro gótico.